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11 min de lecture·Dernière mise à jour: 2026-07-08

Fusion et scission entre PME en Suisse : guide comptable et fiscal pour réorganiser l'entreprise sans mauvaises surprises

Du choix de la structure à la clôture du bilan de fusion : tout ce que les entrepreneurs, les CFO et les fiduciaires doivent savoir pour une réorganisation conforme au droit des sociétés et à la fiscalité suisses.

Pourquoi les PME se réorganisent par fusion ou scission

La fusion et la scission sont des instruments de réorganisation sociétaire qui permettent de concentrer les activités, de séparer des lignes de business ou de simplifier la structure du groupe sans vendre des actifs individuels. En Suisse, ces opérations entre sociétés inscrites au registre du commerce sont régies par la Loi fédérale sur la fusion (LFou) et, pour les aspects comptables et de gouvernance, par le Code des obligations (CO) ; elles ont des répercussions directes sur le bilan, l'impôt sur le bénéfice, le droit de timbre et la position prévoyance du personnel.

Pour une PME, la motivation est souvent concrète : unifier deux sociétés du même titulaire pour réduire les coûts administratifs, scinder une branche d'activité pour la céder ou pour protéger une activité cœur, ou encore préparer une succession d'entreprise en transférant des parts à des membres de la famille via une nouvelle entité.

Contrairement à une simple cession d'entreprise, la fusion et la scission impliquent le transfert universel du patrimoine par succession légale : contrats, employés, licences et obligations passent automatiquement à la société bénéficiaire. Cet avantage opérationnel exige toutefois une planification rigoureuse sur le plan comptable et fiscal, surtout lorsque des plus-values latentes, des participations qualifiées ou des réserves imposées sont concernées.

Fusion et scission : quels instruments et quand les utiliser

La LFou distingue quatre modèles principaux. Le choix dépend de l'objectif stratégique et de la structure patrimoniale des sociétés concernées :

Fusion par absorption

Une ou plusieurs sociétés (absorbée(s)) sont absorbées par une autre société existante (absorbante), qui leur succède universellement dans les droits et obligations. Les sociétés absorbées cessent d'exister sans liquidation formelle.

Typique chez les PME : unifier une Sàrl opérationnelle avec une Sàrl holding, ou fusionner une filiale locale dans la société mère pour éliminer les doublons comptables.

Fusion par constitution

Deux ou plusieurs sociétés confluant dans une nouvelle société constituée ad hoc. Toutes les sociétés participantes sont dissoutes et la nouvelle entité succède à l'ensemble du patrimoine.

Utile lorsqu'aucune des sociétés existantes n'est adaptée à servir de véhicule absorbant, par exemple dans une réorganisation générationnelle avec une nouvelle structure actionnariale.

Scission partielle

Une société transfère une partie de son actif et de son passif à une ou plusieurs sociétés bénéficiaires, tout en continuant d'exister avec le patrimoine résiduel. Les associés de la société scindée reçoivent des parts ou des actions des bénéficiaires.

Scénario fréquent : séparer une branche productive d'une branche immobilière, ou isoler une activité à haut risque de l'activité cœur.

Scission totale

L'ensemble du patrimoine est réparti entre deux ou plusieurs sociétés bénéficiaires. La société scindée est dissoute sans liquidation classique.

Indiquée lorsque deux lignes de business doivent devenir des entités autonomes, par exemple avant une vente partielle à des investisseurs externes.

Tableau comparatif des opérations de réorganisation

Synthèse des principaux aspects qui distinguent fusion et scission dans les opérations les plus courantes entre PME :

Critère Fusion par absorption Scission partielle
Base légale LFou art. 2–22 LFou art. 29–52
Société résultante 1 société absorbante subsiste Société scindée + 1 ou plusieurs bénéficiaires
Transfert Universel par succession légale Partiel, par blocs patrimoniaux définis
Contrepartie aux associés Parts/actions de l'absorbante Parts/actions des sociétés bénéficiaires
Approbation requise Assemblée de chaque société (2/3 des voix représentées et majorité absolue de la valeur nominale représentée ; pour les Sàrl, également majorité du capital votant) Assemblée de la société scindée + bénéficiaires (mêmes majorités ; scission asymétrique : 90 % des voix)
Créanciers Invitation à faire valoir les créances (publication FOSC) ; garantie dans les 3 mois suivant l'inscription Mise en demeure des créanciers (publication FOSC) ; garantie dans les 2 mois, avant la délibération
Enregistrement comptable Bilan de fusion à la valeur comptable Bilan de scission avec répartition patrimoniale
Durée indicative 3–6 mois 4–8 mois

Parcours juridique : étapes obligatoires et délais

La fusion et la scission suivent une procédure standardisée qui requiert une coordination entre la direction, le réviseur, le notaire et le Registre du commerce. Les principales étapes sont :

1

Contrat de fusion ou plan de scission

Document rédigé par écrit par les organes de gestion qui définit le rapport d'échange, la répartition patrimoniale, d'éventuelles compensations en espèces (cash-out) et le traitement du personnel. La décision de l'assemblée requiert l'acte public. Le rapport d'échange doit refléter les valeurs patrimoniales réelles, sous peine de contestations de la part des associés minoritaires.

2

Bilan de fusion ou de scission

Établi à la date de référence indiquée dans le contrat (en règle générale le dernier bilan annuel approuvé). Il doit inclure un état de répartition du patrimoine et, en cas de scission, la liste détaillée des éléments transférés. Si la date de référence précède de plus de six mois la conclusion du contrat ou si des modifications patrimoniales significatives sont survenues, un compte intermédiaire est nécessaire (art. 11 et 35 LFou).

3

Rapport du réviseur et de l'organe de gestion

Le réviseur agréé vérifie l'exactitude du rapport d'échange et signale d'éventuels apports en nature ou compensations en espèces. L'organe de gestion expose les raisons économiques de l'opération et les conséquences pour les associés et les créanciers.

4

Approbation de l'assemblée et protection des créanciers

Délibération à la majorité qualifiée : au moins deux tiers des voix représentées et majorité absolue de la valeur nominale représentée (pour les Sàrl, également majorité du capital social votant). Suit la publication dans la Feuille officielle suisse du commerce (FOSC) : en fusion, les créanciers peuvent demander des garanties dans les trois mois suivant l'inscription ; en scission, dans les deux mois suivant la mise en demeure, avec éventuelle constitution de garanties avant la délibération.

5

Inscription au Registre du commerce

Avec l'inscription, la fusion ou la scission produit effet. Les sociétés absorbées ou scindées sont radiées ; la société bénéficiaire succède automatiquement aux contrats, aux relations de travail et aux positions fiscales (TVA, impôt à la source, etc.).

Si la société absorbante est une société de capitaux, le contrat doit être vérifié par un réviseur agréé (art. 15 LFou). Les PME qui entrent dans la définition légale peuvent renoncer à la vérification, au rapport et à la consultation moyennant le consentement unanime de tous les associés ; un avis indépendant reste néanmoins recommandable.

Enregistrement comptable et traitement du bilan

En comptabilité suisse (normes CO et, pour les PME cotées ou de taille significative, Swiss GAAP FER), la fusion et la scission sont généralement enregistrées à la valeur comptable historique et non à la juste valeur. Le principe de continuité d'exploitation permet de poursuivre les actifs, passifs et réserves de la société absorbée ou scindée sans constater de plus-values comptables latentes.

Dans la société absorbante, le patrimoine net acquis est enregistré en comptabilisant les actifs et passifs à la valeur comptable de l'absorbée. L'éventuelle différence entre le coût d'acquisition (parts émises) et le patrimoine net acquis est généralement inscrite comme réserve de fusion (écart de fusion), sauf cas particuliers prévus par les normes comptables applicables.

Éléments comptables à préparer avec soin

Document Contenu essentiel Note opérationnelle
Bilan de fusion/scission Bilan et compte de résultat à la date de référence Base pour le rapport d'échange et l'inscription au RC
État de répartition Détail des actifs, passifs et réserves transférés Essentiel en scission partielle pour la cohérence fiscale
Écritures de clôture Extinction des comptes de la société absorbée/scindée Transfert des soldes vers la société bénéficiaire
Ouverture des comptes bénéficiaire Reprise des valeurs comptables avec continuité comptable Vérifier la cohérence avec le plan de scission approuvé
Documentation des réserves Réserves imposées, réserves de capital, bénéfices reportés Impact sur les futures distributions et l'impôt sur les participations

Si l'opération intervient en cours d'exercice, il convient de définir si le compte de résultat de l'année en cours reste dans la société cédante ou suit la branche scindée. Ce choix doit être aligné sur le contrat de scission et le traitement fiscal de l'opération, afin d'éviter une double imposition ou des lacunes dans la déclaration.

Implications fiscales : impôt sur le bénéfice, participations et droit de timbre

Sur le plan fiscal, la fusion et la scission peuvent bénéficier du régime de réorganisation prévu par l'art. 61 LIFD (LIF) et par les lois cantonales correspondantes. Si les conditions sont remplies, le transfert de biens et de passifs s'effectue sans réalisation imposable de plus-values au niveau de la société.

Impôt sur le bénéfice des sociétés

Le transfert d'actifs et de passifs dans le cadre d'une fusion ou d'une scission qualifiée ne génère, en règle générale, pas de revenu imposable pour la société cédante. Les valeurs fiscales des actifs et passifs sont transférées à la bénéficiaire avec continuité.

Attention : les plus-values latentes sur des immeubles ou des titres peuvent être traitées différemment au niveau cantonal. Vérifier systématiquement la pratique de l'office des impôts compétent avant de finaliser le plan.

Impôt sur les participations qualifiées

Lorsque les associés reçoivent des participations en échange de celles détenues, le principe de continuité fiscale s'applique au sens de l'art. 19 al. 1 let. c LIFD : le coût fiscal et la période de détention de la participation originale sont transférés proportionnellement aux nouvelles parts reçues.

Documenter avec précision le coût d'acquisition originel et les éventuelles réserves imposées : cela sera essentiel lors d'une future cession ou distribution.

Imposition personnelle des associés

Si la réorganisation attribue à un associé personne physique une valeur patrimoniale supérieure à sa quote-part proportionnelle — par exemple en cas de cash-out, de répartition asymétrique ou de transfert de liquidités et d'immeubles en faveur de certains associés — la part excédentaire peut être assujettie à l'impôt sur le revenu en tant que revenu de participation (art. 20 LIFD), et non comme plus-value de capital.

Ce risque est particulièrement pertinent dans les scissions avec cash-out ou répartitions non proportionnelles. La liquidation partielle indirecte (art. 20a LIFD) concerne quant à elle surtout la vente de participations qualifiées de la substance privée à la substance commerciale : une simulation fiscale préalable est indispensable.

Droit de timbre et TVA

La création ou l'augmentation de droits de participation dans le cadre de fusions et scissions qualifiées est exonérée du droit d'émission (art. 6 al. 1 let. a-bis LStB) ; le droit de négociation ne s'applique en règle générale pas aux opérations liées à des restructurations conformes à la LFou.

Pour la TVA, la réorganisation ne constitue en principe pas une prestation imposable s'il n'y a pas de changement substantiel de l'assujettissement. Communiquer l'opération à l'AFC et mettre à jour l'inscription TVA de la société résultante.

Les sociétés propriétaires d'immeubles doivent évaluer l'impôt immobilier et les éventuels prélèvements cantonaux sur le transfert. Dans certains cantons, la fusion peut déclencher l'imposition des plus-values immobilières si elle n'entre pas dans les exonérations pour réorganisation prévues par le droit cantonal.

Personnel, contrats et formalités accessoires

Avec l'inscription au Registre du commerce, les contrats de travail du personnel de la société absorbée ou scindée passent automatiquement à la société bénéficiaire par effet de la loi (art. 333 CO). Un nouveau contrat n'est pas nécessaire, mais il est recommandé d'informer les employés par écrit et de mettre à jour les règlements internes, les organigrammes et les polices d'assurance.

Vérifier l'impact sur les caisses LPP : la fusion ou la scission peut nécessiter une communication à l'institution de prévoyance et, en cas de séparation d'équipes, la répartition des réserves de libre passage. Les contrats avec les fournisseurs, les contrats de leasing, les licences logicielles et les polices d'assurance doivent également être examinés pour les clauses de change-of-control.

Sur le plan administratif, penser à mettre à jour dans les délais : numéros IDE et TVA, comptes bancaires, mandats de paiement, abonnements fiscaux cantonaux, registres des actions ou des parts sociales et, le cas échéant, licences sectorielles (hôtellerie-restauration, FINMA, etc.).

Coûts à budgétiser

Pour une PME avec 1 à 3 sociétés concernées, les coûts typiques se répartissent comme suit :

Poste de coût Ordre de grandeur Remarques
Honoraires notariaux CHF 3'000–8'000 Dépend du nombre de sociétés et de la complexité du contrat
Révision / expertise CHF 2'000–6'000 Bilan de fusion, rapport, rapport d'échange
Conseil fiscal CHF 2'000–10'000 Plus élevé en cas d'immeubles, de cash-out ou de plusieurs cantons
Publications FOSC CHF 500–1'500 Invitation aux créanciers et inscriptions au RC
Droit de timbre 0–CHF 15'000+ Exonéré si opération qualifiée au sens LStB/LFou
Formalités comptables internes Variable Écritures de clôture, harmonisation des plans de comptes, reporting

Checklist opérationnelle pour PME

Avant de lancer la procédure, vérifiez d'avoir accompli ces étapes :

  • Définir l'objectif stratégique — réduction des coûts, séparation d'activités, succession ou préparation d'une vente : la structure juridique suit l'objectif.
  • Effectuer une due diligence patrimoniale — cartographier les actifs, passifs, contrats, litiges en cours et réserves fiscales de chaque société.
  • Simuler le rapport d'échange — vérifier que la valeur des participations reçues correspond au patrimoine net cédé, net d'éventuelles compensations.
  • Obtenir un avis fiscal écrit — surtout pour les scissions avec immeubles, réserves imposées ou associés personnes physiques.
  • Harmoniser les plans de comptes — uniformiser les codifications comptables avant la clôture pour simplifier les écritures de transfert.
  • Planifier le calendrier — éviter de superposer fusion/scission avec la clôture d'exercice, l'audit ou le renouvellement de financements bancaires.
  • Préparer la documentation post-inscription — nouveau bilan d'ouverture, mise à jour des registres sociétaires, communications à l'AFC et aux offices cantonaux.

Erreurs fréquentes à éviter

Sous-estimer le rapport d'échange. Un rapport défavorable aux associés minoritaires peut être contesté et bloquer l'opération. Le calcul doit reposer sur des valeurs patrimoniales vérifiées, et non sur des estimations internes non documentées.

Négliger l'imposition personnelle des associés. Une scission qui distribue des liquidités ou des immeubles de manière non proportionnelle à un associé personne physique peut entraîner une imposition sur le revenu au sens de l'art. 20 LIFD, avec des taux progressifs variant d'un canton à l'autre.

Oublier l'invitation aux créanciers. Le non-respect des mises en demeure et des délais de garantie prévus par la LFou (trois mois en fusion, deux mois en scission) expose les responsables à une responsabilité envers les créanciers.

Ne pas aligner comptabilité et fiscalité. Enregistrer des écritures comptables incohérentes avec le plan de scission approuvé crée des difficultés dans les déclarations fiscales ultérieures et lors des vérifications du réviseur.

Reporter les formalités accessoires. Des comptes bancaires, la TVA et la LPP non mis à jour peuvent entraîner des retards de paiement, des sanctions et des interruptions opérationnelles dans les semaines suivant l'inscription.

Comment Accountex accompagne les fusions et scissions

Une réorganisation sociétaire met sous pression la comptabilité, le reporting et les formalités fiscales. Accountex permet de gérer plusieurs entités comptables en parallèle, facilitant la préparation du bilan de fusion ou de scission avec des extractions patrimoniales détaillées et des rapports par plan de comptes.

Pendant la phase de transfert, les écritures de clôture et de réouverture peuvent être documentées avec des références croisées entre sociétés, en conservant la traçabilité pour le réviseur et pour l'office des impôts. Les rapports sur les réserves, les bénéfices reportés et la position fiscale des associés aident à préparer la documentation nécessaire au conseiller fiscal.

Après l'inscription, la consolidation des positions et la mise à jour des données sociétaires (TVA, exercice comptable, centres de coûts) permettent de reprendre les opérations sans interruption, avec une base comptable propre pour le nouvel exercice.

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