Shopify calcule la TVA, mais ne vous rend pas automatiquement conforme
Shopify propose des outils intégrés pour le calcul de la TVA au checkout (Shopify Tax, impôts par pays, catégories produit). Cependant, configurer correctement les impôts dans l'admin ne remplace pas les obligations fiscales suisses : inscription auprès de l'Administration fédérale des contributions (AFC), documents conformes à la LTVA, décompte trimestriel et rapprochement comptable.
Si votre entreprise a son siège ou son activité commerciale en Suisse et vend via Shopify — produits physiques, numériques ou mix — vous êtes responsable de la TVA suisse sur les ventes aux clients en Suisse et, dans certains cas, sur les ventes transfrontalières. Shopify n'est qu'un canal de vente : l'obligation fiscale reste la vôtre.
Ce guide s'adresse aux entrepreneurs, PME et e-commerces utilisant Shopify comme plateforme principale : de la décision de s'inscrire à la TVA à la configuration pas à pas, des taux suisses aux ventes export et UE, jusqu'au décompte AFC et l'alignement comptable.
Quand s'inscrire à la TVA (AFC)
Avant de configurer Shopify, vérifiez si votre entreprise est assujettie à la TVA en Suisse. L'inscription détermine tout le reste : taux à appliquer, obligation de facturer avec TVA et décompte trimestriel AFC.
Seuil obligatoire CHF 100'000 (art. 10 LTVA)
Si votre chiffre d'affaires annuel de toutes activités (pas seulement Shopify) dépasse CHF 100'000, vous devez vous inscrire obligatoirement à la TVA auprès de l'AFC dans les 30 jours. Vous recevrez un numéro IDE (CHE-xxx.xxx.xxx MWST) à saisir dans Shopify, sur les factures et dans le décompte.
Inscription volontaire sous le seuil
Sous CHF 100'000 vous pouvez vous inscrire volontairement. C'est pertinent si vous achetez beaucoup auprès de fournisseurs assujettis et souhaitez récupérer l'impôt préalable, ou si vous prévoyez de dépasser le seuil prochainement. Une fois inscrit, vous restez assujetti au moins un an.
Méthode effective vs. taux forfaitaire
La plupart des e-commerces utilisent la méthode effective (déclaration réelle de l'impôt dû et préalable). Le taux forfaitaire est réservé à des secteurs spécifiques et nécessite l'autorisation AFC. Shopify ne choisit pas la méthode pour vous : vous la déclarez à l'inscription.
S'inscrire avant de scaler sur Shopify
Si vous allez dépasser le seuil, inscrivez-vous à l'AFC avant le pic de ventes. Shopify peut recalculer la TVA sur les nouvelles commandes, mais les commandes déjà exécutées sans TVA doivent être corrigées manuellement. Mieux vaut configurer l'IDE AFC dans Shopify dès le premier jour d'assujettissement.
Attention : vendre sur Shopify sans inscription TVA lorsque vous y êtes obligé expose à des sanctions AFC, recouvrement rétroactif et intérêts moratoires (5 %). L'AFC croise données douanières, bancaires et fiscales : l'e-commerce n'est pas invisible.
Configuration TVA dans Shopify : pas à pas
Dans Shopify Admin allez dans Settings → Taxes and duties. Voici les paramètres essentiels pour une boutique basée en Suisse :
Définir la Suisse comme pays fiscal
Dans Settings → Store details vérifiez que le pays de la boutique est Switzerland. Puis dans Taxes and duties ajoutez Switzerland comme région fiscale. Shopify appliquera les taux suisses aux clients avec adresse de livraison en CH.
Taux et override par produit
Activez « Collect tax » pour la Suisse. Utilisez les Product tax categories Shopify (ex. General goods, Food, Digital goods) et vérifiez qu'elles correspondent au taux AFC correct. Pour produits à taux spécial, créez un tax override manuel.
Prix TVA incluse vs. exclue
En Suisse les prix consommateur sont normalement TVA incluse (B2C). Dans Settings → Taxes sélectionnez « Prices include tax » si vous affichez des prix finaux. En comptabilité vous devez quand même séparer base imposable et impôt pour le décompte AFC.
TVA sur la livraison
Les frais de livraison en Suisse suivent le taux des biens livrés (art. 25 LTVA). Dans Shopify activez « Charge tax on shipping rates » pour la Suisse. Si vous vendez des produits à taux mixtes, vérifiez que la livraison hérite du bon taux.
Collecte IDE pour clients B2B
Pour ventes à entreprises suisses inscrites TVA, collectez le numéro IDE du client (champ checkout personnalisé ou app B2B). Shopify peut exonérer la TVA au checkout si le client est une entreprise valide — mais vous devez vérifier le numéro via VIES/AFC et conserver la preuve.
Conseil : après chaque modification fiscale, passez une commande test avec adresse suisse et une étrangère. Vérifiez que la TVA au checkout correspond au taux attendu et que l'export affiche 0 % TVA suisse.
Taux TVA suisses et catégories produit
Depuis le 1er janvier 2024 les taux TVA en Suisse ont été mis à jour. Dans Shopify vous devez mapper chaque type de produit au taux correct :
| Catégorie / type produit | Taux TVA | Catégorie Shopify suggérée | Exemples |
|---|---|---|---|
| Taux normal | 8,1 % | General goods / Standard | Vêtements, électronique, cosmétiques, services numériques standard |
| Taux réduit | 2,6 % | Food / Books (si numérique : vérifier) | Alimentation, médicaments, livres/papier, journaux |
| Taux spécial hébergement | 3,8 % | Override manuel | Nuitées, locations courtes (si vendues via Shopify) |
| Biens numériques / SaaS | 8,1 % ou 2,6 % | Digital goods | E-books (2,6 %), logiciel/SaaS (8,1 %) — voir guide ventes numériques |
Pour produits numériques et SaaS, les règles de lieu de prestation peuvent différer des biens physiques. Consultez le guide ventes numériques pour export UE et autoliquidation B2B.
Ventes en Suisse : B2C, B2B, remises et retours
La plupart des boutiques Shopify suisses vendent principalement à des clients en Suisse. Voici les cas les plus fréquents :
Ventes B2C (consommateurs privés)
Appliquez la TVA suisse au checkout. Le reçu/facture Shopify doit montrer base imposable, taux et montant TVA. La TVA encaissée se déclare dans le décompte AFC trimestriel comme impôt dû.
Ventes B2B (entreprises avec IDE)
Si le client est une entreprise suisse avec IDE valide achetant pour son activité imposable, la vente est imposable en Suisse avec TVA (sauf cas particuliers). L'autoliquidation s'applique aux achats fournisseurs étrangers côté acheteur — ne confondez pas avec vos ventes B2B.
Remises, codes promo et cartes cadeau
La TVA se calcule sur le prix effectivement payé (après remises). Shopify recalcule automatiquement l'impôt sur le total remisé. Pour cartes cadeau : TVA à l'utilisation, pas à l'achat de la carte (si bien configuré).
Retours et remboursements
Chaque retour doit générer un extourne TVA. Dans Shopify un remboursement total ou partiel recalcule la TVA. En comptabilité il faut une note de crédit avec extourne correspondant. Conservez la traçabilité commande → retour → décompte AFC.
Export et ventes étrangères depuis Shopify
Si vous vendez hors de Suisse via Shopify Markets ou expéditions internationales, le traitement TVA change radicalement :
Export de biens physiques (client hors CH)
Les exportations de biens expédiés à l'étranger sont généralement exonérées de TVA suisse (taux 0 %). Dans Shopify configurez les zones internationales sans TVA suisse. Documentez chaque export (facture, déclaration douanière, preuve d'expédition) pour le décompte AFC.
Ventes B2C vers clients UE
Une boutique suisse vendant à des consommateurs UE peut devoir s'inscrire à la TVA dans un ou plusieurs États membres (seuils ventes à distance) ou utiliser le régime Non-Union OSS. Shopify Tax pour l'UE nécessite une configuration supplémentaire ; la Suisse ne participe pas à l'OSS UE.
Ventes B2B vers entreprises UE
Pour ventes B2B à entreprises UE avec numéro TVA valide, émettez facture sans TVA suisse avec mention autoliquidation / exportation services. Le client UE auto-liquide la TVA dans son pays. Vérifiez le VATIN du client avant d'exonérer la TVA au checkout.
Shopify Markets et devises multiples
Shopify Markets permet des prix en EUR, USD, etc. L'obligation TVA dépend du pays du client, pas de la devise de paiement. Configurez marchés et impôts pour chaque pays cible ; ne supposez pas que « paiement en EUR » signifie automatiquement exonération TVA suisse.
Attention : appliquer 0 % TVA suisse sur ventes à clients en Suisse, ou oublier inscriptions TVA étrangères sur volumes UE élevés, sont parmi les erreurs les plus coûteuses. Documentez toujours le pays client avec au moins deux preuves concordantes.
Factures, reçus et documentation
Les reçus générés par Shopify ne satisfont pas toujours tous les exigences d'une facture conforme LTVA (art. 26). Voici ce qu'il faut vérifier :
Données obligatoires sur la facture
Nom et adresse fournisseur et client, numéro IDE AFC, date, description prestation, base imposable, taux, montant TVA, total. Pour montants > CHF 500, signature ou référence électronique qualifiée requise.
Limites des reçus Shopify
Les e-mails de confirmation Shopify sont utiles comme preuve de vente mais pour clients B2B ou montants élevés vous devrez peut-être émettre factures via apps (Sufio, Billbee) ou logiciel comptable externe avec QR-facture.
QR-facture suisse
Depuis 2020 la QR-facture est la norme pour paiements en Suisse. Si vous émettez factures hors Shopify, utilisez un générateur conforme (ou AccountEX) avec QR-Iban et référence structurée.
Factures en devise étrangère
Si vous facturez en EUR ou USD, indiquez le taux de change ou l'équivalent CHF pour le calcul TVA. L'AFC accepte le cours du jour de la prestation ou la moyenne mensuelle BCE.
Conservation 10 ans
Vous devez conserver factures émises et reçues, exports Shopify, rapports TVA et preuves d'export pendant 10 ans (art. 958f CO). Exportez périodiquement les données Shopify (Orders, Tax reports) et archivez de manière immuable.
Alignement comptable
Chaque transaction Shopify doit correspondre à une écriture comptable (produits, TVA due, encaissements gateway). Évitez de vous fier uniquement au « net sales » du dashboard sans rapprocher TVA et commissions Stripe/PayPal.
Conseil : connectez Shopify à votre logiciel comptable pour importer commandes, remboursements et TVA automatiquement. AccountEX importe les ventes Shopify et génère écritures avec impôt correct, notes de crédit sur retours et données pour le décompte AFC.
Décompte AFC et rapprochement comptable
Shopify vous aide à collecter la TVA, mais le versement et la déclaration vous incombent via le décompte trimestriel AFC :
Rapports Shopify Tax vs. décompte AFC
Dans Analytics → Reports exportez « Taxes » et « Sales by channel ». Comparez les totaux TVA avec le formulaire AFC (chiffres 200, 220, 301). Les écarts viennent de remboursements, commandes manuelles, cartes cadeau ou commandes modifiées hors flux standard.
Impôt préalable sur achats
Si vous êtes inscrit en méthode effective, déduisez la TVA sur achats professionnels (fournisseurs CH, import, services étrangers avec autoliquidation). Frais Shopify, livraison, emballage et stock sont impôts préalables potentiels.
Rapprochement gateway et banque
La TVA se calcule sur le chiffre d'affaires, pas l'encaissement net. Stripe/PayPal retiennent commissions : en comptabilité séparez produits bruts, commissions et TVA. Rapprochez les versements avec CAMT.053 et commandes Shopify.
Automatisation avec AccountEX
AccountEX importe commandes et retours Shopify, calcule TVA sur remises et remboursements, rapproche Stripe/Twint et génère données pour le décompte AFC. Réduit erreurs manuelles et clôture mensuelle de jours à minutes.
Présentez le décompte AFC dans les 60 jours après fin de trimestre (ou 30 si mensuel). Retards et erreurs systématiques attirent contrôles ; un rapprochement mensuel Shopify ↔ comptabilité évite les surprises.
Erreurs fréquentes Shopify et TVA suisse
- Ne confondez pas « Shopify calcule la TVA » avec « je suis inscrit AFC » : sans IDE et décompte trimestriel vous restez non conforme même si le checkout affiche l'impôt
- Vérifiez les Product tax categories après chaque mise à jour catalogue : un produit alimentaire classé « General » paie 8,1 % au lieu de 2,6 %
- N'appliquez pas 0 % TVA sur commandes avec adresse suisse en pensant que le client est étranger — vérifiez pays livraison et facturation
- Documentez chaque export avec facture, preuve d'expédition et déclaration douanière : l'AFC peut demander preuves des années après
- Gérez les retours avec extourne TVA complet : un remboursement partiel Shopify doit correspondre à une note de crédit en comptabilité
- Si vous vendez en UE à volume, envisagez inscription TVA étrangère ou Non-Union OSS — Shopify seul ne résout pas la conformité UE
- Connectez Shopify à AccountEX pour import automatique commandes, TVA sur retours/remises et rapprochement gateway — du checkout au décompte AFC sans Excel
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